本次大会的主要议程共有8项。一是审议通过政协深圳市第四届委员会常务委员会工作报告和提案工作报告。二是列席深圳市第四届人民代表大会第二次会议开幕大会，听取并讨论政府工作报告和其它报告。三是补选政协深圳市第四届委员会常务委员。四是听取政协深圳市第四届委员会第二次会议提案收集情况的通报。五是审议通过政协深圳市第四届委员会第二次会议的决议。六是围绕深圳市“十一五”规划的实施，促进和谐深圳效益深圳的发展，组织一场大会发言、两场专题议政和两场联组讨论。七是组织开展“知情问政”活动。八是表彰四届一次会议以来的优秀提案和办理提案先进单位。

大会的日程安排大致如下：

    3月20日（第一天）：上午开幕大会。听取常委会工作报告和提案工作报告，表彰四届一次会议以来优秀提案和办理提案先进单位；下午分组讨论常委会工作报告和提案工作报告；晚上市领导会见港澳委员。

    3月21日（第二天）：上午专题议政和联组讨论。专题议政的题目分别是“建设创新型城市”和“促进我市医疗卫生事业改革与发展”；联组讨论的题目分别是“生态市建设”和“第三产业的发展与创新”。下午与政府职能部门开展知情问政活动；各专委会组织委员活动。

    3月22日（第三天）：上午列席市第四届人民代表大会第二次会议，听取市政府工作报告及其他报告。下午分组讨论市政府工作报告及其他报告；根据市委统一安排，召开“两会”中共党员会议。

    3月23日（第四天）：上午举行大会发言；下午分组讨论，酝酿讨论市政协四届委员会常务委员候选人建议名单、选举办法（草案）、监票人建议名单和会议决议（草案）；召开市政协四届常委会第四次会议，听取各组汇报四届委员会常务委员候选人及其他各项草案酝酿讨论情况，协商通过补选四届委员会常务委员候选人名单、选举办法（草案）和监票人建议名单，协商通过会议决议（草案）。

    3月24日（第五天）：上午选举大会和闭幕大会。审议通过选举办法（草案）、监票人建议名单，选举市政协四届委员会常务委员；公布选举结果，通报四届二次会议提案收集情况，通过四届二次会议决议。