根据政协章程规定，深圳市政协设常务委员会，常务委员会由主席、副主席、秘书长和常务委员组成，每届任期五年。

深圳市政协设立办公厅、提案委员会、经济委员会、人口资源环境委员会、科教卫体委员会、社会法制和民族宗教委员会、港澳台侨和外事委员会、文化文史委员会、联络工作委员会。办公厅下设秘书处、机关党委（人事处）、研究室、综合处、行政接待处、宣传信息处等6个处室，直属事业单位市政协文史馆。8个专门委员会各下设工作处。